A sexta temporada se passa 20 meses após a quinta, e começa às 6h, em Los Angeles. Bauer é solto depois de ficar 20 meses preso na China. Enquanto isso, terroristas planejam explodir maletas nucleares nos Estados Unidos, e Bauer deve impedi-los. Depois, ele precisa escolher entre seus entes queridos e a segurança nacional, quando chineses tomam posse de um aparelho que começará uma guerra entre os Estados Unidos e a Rússia.
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